Ingresó a FEMSA en 1987. En enero de 1995 fue nombrado Director General Ejecutivo de FEMSA y desde 2001 ocupa la Presidencia del Consejo de Administración.
Antes de su actual responsabilidad, el Ing. Fernández fue Director General Ejecutivo de OXXO. Además, ocupó diversos cargos en el área corporativa de FEMSA y en el área comercial de Cervecería Cuauhtémoc-Moctezuma.
El Ing. Fernández es además Presidente del Consejo de Coca-Cola FEMSA, Vice-Presidente del Consejo de Administración del Tecnológico de Monterrey y participa como Consejero en importantes instituciones nacionales e internacionales como: Grupo Financiero BBVA Bancomer, Grupo Industrial Bimbo, Industrias Peñoles, Aerolíneas Volaris, entre otras.
Co-dirige como Presidente el capítulo México del importante Woodrow Wilson Center, y desde hace 13 años, es profesor de la cátedra de Sistemas de Planeación, en la carrera de Ingeniería Industrial y de Sistemas del TEC de Monterrey, campus Monterrey.
El Ing. Fernández obtuvo los títulos de Ingeniero Industrial y de Sistemas y el de Maestría en Administración, ambos en el Tecnológico de Monterrey.